PROTOTYPE
O jogo segue a história de Alex Mercer, que acorda com amnésia em um necrotério no porão da GenTek, uma grande empresa de engenharia genética e influente. Sem saber doque acontecia busca por respostas e foge propondo-se a recuperar sua memória e descobrir exatamente o que ocorreu. Alex logo descobre que ele agora possui poderosas habilidades chamadas "shapeshifting" que mudam o seu corpo e dão força sobre-humana, velocidade, agilidade, durabilidade, defesa e capacidade de "consumir" as pessoas e ganhar as suas memórias, habilidades e aparência.
Sem memória de sua vida anterior, Alex é obrigado a rastrear e sugar a memória das pessoas relacionadas com a conspiração, a fim de descobrir a verdade. Chegando a um paradeiro e encontrando sua irmã. Durante sua busca, Alex enfrenta duas facções: Blackwatch, que é unidade de forças especiais dedicada a combater a guerra biológica, e os infectados, fação composta de civis que contraíram um vírus estranho e monstros poderosos conhecidos como hunters. Capitão Cross, um oficial Blackwatch, tem ordens específicas para encontrar e conter Alex.
Alex faz contato com sua irmã, Dana Mercer, que o ajuda no rastreamento de alvos que podem ajudar na descoberta de seu passado, levando a uma infiltração na sede da GenTek. Alex encontra uma mulher chamada Elizabeth Greene contida no nível 51 do edifício, que escapa e toma o controle da facção Infected, Elizabeth inicialmente mostra-se superior em forças com Alex , no entabto ele evolui até o próximo encontro. Alex logo encontra o Dr. Ragland - um patologista ligado a toda a questão, ou seja, a culpa é dele! - que também ajuda Alex em sua busca. À medida que a conspiração se desenvolve, e com a ajuda de um contato não identificado, as origens do vírus e Elizabeth Greene são descobertos: em 1969 o governo tinha testado o predecessor do vírus em Hope, cidade de Idaho, projetado para atacar raças predeterminadas.
O vírus então se transformou em algo muito mais mortal, e a população toda estava sendo infectada. Elizabeth Greene foi a única sobrevivente, uma anomalia cujo corpo aceita o vírus, reescrevendo seu código genético, juntamente com o de seu filho, Pariah. A população remanescente de Hope, em seguida, foi liquidada pela Blackwatch. Greene e Pariah foram mantidos em cativeiro como cobaias pela GenTek.
Pouco depois Alex descobre seu próprio passado dentro da Blackwatch, quando decidiu encerrar o projeto GenTek devido a vazamentos de notícias e ordenou que todo o pessoal do projeto fosse eliminado. Dr. Alex Mercer, um empregado da GenTek, pegou uma amostra do vírus (Dx-1118 variante A) e o catalogou como "inseguro". Eventualmente preso por Blackwatch na Penn Station, ele decidiu levar à morte quantas pessoas conseguisse, quebrando o tubo e liberando o vírus ("Blacklight") para a cidade sem querer. Mas, após ser baleado pelos soldados da Blackwatch, o vírus entra em seu corpo, consumindo e copiando todo o seu DNA. Ao acordar no necrotério no início, o clone do vírus, Zeus, acreditava-se que fosse Mercer, mas viram que não era bem isso.
Com a ajuda de um contato desconhecido, Alex cria o novo "Bloodtox" que é um agente subterrâneo biológico, a fim de conduzir o vírus escondido no subterrâneo para a superfície do solo, onde pode ser combatido diretamente, fazendo com que Elizabeth Greene suba como uma monstruosidade gigantesca, a quem Alex derrota e suga sua memória. Torna-se evidente que o general Randall, diretor da Blackwatch, está preparado para destruir Manhattan com um dispositivo nuclear. O contato certo, na verdade, é o capitão Robert Cross, e Alex se infiltra no USS Ronald Reagan, um porta-aviões onde está o acionador do dispositivo nuclear.
Uma vez que Alex suga as memórias de Randall, Cross revela-se como o Hunter Supremo, e assim se desenvolve uma luta entre eles. Mercer sai vitorioso e absorve as memórias de Cross, então move a arma em direção ao Oceano Atlântico e detona com segurança, mas é pego na explosão. Alex se regenera.